Un número de pestes atacan los vegetales antes y después que los brotes emerjan. La humedad excesiva y el añublo en los retoños causado por varios hongos pueden podrir las semillas antes que sean visibles sobre la tierra.

Siembre las semillas de vegetales en el tiempo recomendado, cuando la tierra se ha calentado, y use semillas vigorosas. Esto permite que las semillas germinen rápidamente, antes que puedan ser presas de los hongos.

Los insectos también pueden tomar ventaja de las semillas que germinan lentamente plantadas muy temprano en tierras aun fría s, como en el caso de ejotes y maíz sembrados en abril. Los gusanos del maíz por lo general atacan estas semillas. En mayo, cuando las tierras tibias permiten que las semillas germinen rápidamente, el daño se minimiza.

Entre las otras pestes comunes de los brotes se incluyen gusano cortador, pulguillas, babosas y, ocasionalmente, milpiés. Recuerde que las cubiertas flotantes no están diseñadas para controlar estas pestes. Este tipo de cubiertas pueden atrapar insectos emergiendo de la tierra, debajo de una cubierta protectora con su alimento favorito.

Las cubiertas flotantes pueden ser efectivas para prevenir daño por insectos, tales como los gusanos minadores de la espinaca y la col, que pasan el invierno fuera del jardín.

Entre las pestes animales de los brotes se incluyen pájaros y conejos. Después que las semillas emergen, tanto los pájaros como los conejos las comen. Los pájaros también se comen las semillas antes que emerjan. Los conejos esperan a que las semillas broten y emerjan. Las barreras y repelentes pueden ser parcialmente efectivas en la minimización de daños.

En general, el control de pestes de los brotes de vegetales requiere de buenas prácticas culturales para prevenir problemas antes que ocurran. Entre las buenas prácticas se incluyen sembrar en el tiempo oportuno, mantener el crecimiento vigoroso de los brotes por medio del riego adecuado y la poda adecuada pata prevenir amontonamientos.